SMTL ID : 4rm0.1

Crystal structure of Norovirus OIF P domain in complex with Lewis a trisaccharide

Coordinates

PDB Format

Method

X-RAY DIFFRACTION 2.00 Å

Oligo State

homo-dimer

Ligands

1 x NAG- GAL- FUC: beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

NAG-GAL-FUC.1: 9 residues within 4Å: Chain A: Y.84, W.85, S.143, T.145, S.146, E.147, N.181, N.183, T.184 2 PLIP interactions: 2 interactions with chain A Hydrogen bonds: A:Y.84, A:T.145, A:E.147, A:E.147, A:S.143, A:T.145, A:T.145, A:E.147, A:N.181, A:N.183, A:N.183, A:T.184, A:T.184, A:N.183 Hydrophobic interactions: A:W.85

1 x NDG- GAL- FUC: beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

NDG-GAL-FUC.2: 8 residues within 4Å: Chain B: W.85, S.143, T.145, S.146, E.147, N.181, N.183, T.184 2 PLIP interactions: 2 interactions with chain B Hydrogen bonds: B:N.183, B:S.143, B:T.145, B:N.181, B:N.183, B:N.183, B:T.184, B:T.184, B:N.183 Water bridges: B:T.145, B:S.146 Hydrophobic interactions: B:W.85

Links

RCSB   PDBe   PDBj   PDBsum   CATH   PLIP

Citation

Liu, W. et al., A Unique Human Norovirus Lineage with a Distinct HBGA Binding Interface. Plos Pathog. (2015)

Release Date

2015-06-24

Peptides

Capsid protein: AB

SMTL:PDB

SMTL Chain Id:
PDB Chain Id:

A
A

B
B

Capsid protein

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